中国科学评价研究中心和中国科教评价网于2011年4月联合发布了最新的“中国学术期刊评价研究报告”。评估结果中，我校《南京中医药大学学报》等级A，位居2011—2012年高校学报学术期刊（医学类，126种）排行榜第18位，中医药类学报第3位，评为核心期刊。